株式会社INCJの全株式は、株式会社産業革新投資機構が保有します。
株式会社産業革新投資機構 株主概要
国：出資総額3,669億9,996万7,724円
政府による出資は、財政投融資特別会計（投資勘定）によるものです。
企業：出資総額135億円（各5億円出資。ただし日本政策投資銀行は15億円）
旭化成株式会社
大阪ガス株式会社
キヤノン株式会社
シャープ株式会社
株式会社商工組合中央金庫
住友化学株式会社
住友商事株式会社
住友電気工業株式会社
ソニーグループ株式会社
武田薬品工業株式会社
株式会社東芝
トヨタ自動車株式会社
日揮ホールディングス株式会社
株式会社日本政策投資銀行
パナソニック株式会社
東日本旅客鉄道株式会社
株式会社日立製作所
丸紅株式会社
株式会社みずほ銀行
株式会社三井住友銀行
株式会社三菱ケミカルホールディングス
三菱重工業株式会社
三菱商事株式会社
株式会社三菱UFJ銀行
ENEOS株式会社
合計25社（50音順）